Das Dominikanerkloster in Leipzig wurde ursprünglich 1229 gegründet und gehörte damit zu den frühen Gründungen des damals noch jungen Ordens. Der Klosterbau befand sich am Grimmaischen Tor (heute Augustusplatz).
1240 wurde die Klosterkirche von Erzbischof Hildebrand von Magdeburg zu Ehren des hl. Paulus geweiht (Paulinerkirche). Eine großflächige Klosteranlage erstreckte sich bald über mehrere Innenhöfe mit zahlreichen zweistöckigen Gebäuden, welche durch Kreuzgänge miteinander verbunden waren.
Die Klosterbibliothek, später mehrfach ausgebaut, bildete eine wichtige Grundausstattung für die 1409 gegründete Universität in Leipzig.
Nach Einführung der Reformation wurde das Dominikanerkloster 1539 aufgelöst und 1543 der Universität übergeben.
Die Dominikanerkirche wurde Aula der Universität und fortan für akademische Festakte genutzt. Hier hielt Martin Luther 1545 seine letzte Predigt in Leipzig.
Die Pauliner- bzw. Universitätskirche diente evangelischen Christen über 400 Jahre lang als Gotteshaus.
Nach 1945 genossen die Dominikaner Gastfreundschaft in ihrer ehemaligen Kirche am Augustusplatz. Berühmt sind die Jugendpredigten von Pater Gordian Landwehr. Um sie anzuhören, strömten scharenweise Menschen in die Paulinerkirche (ebenso wie an zahlreiche andere Orte der DDR). Auf Anordnung Walter Ulbrichts und nach Beschluss der Stadtverordnetenversammlung der Stadt Leipzig wurde die Paulinerkirche am 30. Mai 1968 gesprengt.
Eine Gedenktafel an der Universität erinnert an diesem barbarischen Akt.
Nach der Wende bemühte sich insbesondere der Paulinerverein um den Wiederaufbau der Kirche am Augustusplatz inmitten der Stadt.
Nach einem Entwurf des Architekten Erick von Engeraat wurden das neue Augusteum und Paulinum (Aula/Universitätskirche St. Pauli) gebaut. Der Paulineraltar und weitere noch erhaltene Kunstschätze haben hier ihren ursprünglichen Platz wiederbekommen.
Um die Geschichte aufzeigen, die mit den Dominikanern begonnen hatte, wurde am 31.03.2015 im Augusteum, dem Eingangsfoyer der Universität, ein Freskengang eröffnet. Hier sind letzte Überreste des Klosters zu sehen, mittelalterliche Fresken aus dem Kreuzgang. Sie zeigen Stammbäume von Heiligen des Dominikanerordens, die Legenden der heiligen Barbara und Katharina von Alexandrien, eine thronende Mutter Gottes, die Verkündigung sowie die Kreuzigung Christi. Es sind die einzigen erhaltenden figürlichen Wandmalereien aus dem Mittelalter in Leipzig und der größte Freskenzyklus aus dieser Zeit in Sachsen.
Im Februar 1931 konnte die Ordensprovinz der Dominikaner ein Grundstück an der Halleschen Straße (heute Georg-Schumann-Straße) für die Errichtung eines Klosters und den Bau einer Kirche erwerben.
Am 20. Dezember 1931 wurde in einem Wohngebäude auf den Grundstück eine Kapelle zu Ehren des hl. Albertus Magnus eingeweiht. Über 20 Jahre lang feierten die Wahrener Katholiken hier Gottesdienste.
Den entscheidende Anstoß zum Bau der heutigen Pfarr- und Klosterkirche gaben nach dem Zweiten Weltkrieg Pater Gordian Landwehr und Pater Aurelius Arkenau. In Zusammenarbeit mit dem Architekten Andreas Marquart und dem Baumeister Rudolf Peuser wurden Pläne für die neue Kirche entworfen und wurde dann die Ausführung in Angriff genommen. Unter tatkräftiger Mithilfe von Gemeindemitgliedern konnte der Bau beginnen, und am 13. Oktober 1951 wurde der Grundstein gelegt.
Am 16. November desselben Jahres konsekrierte Bischof Heinrich Wienken von Dresden-Meißen die neue Kirche, die wie bereits die Kapelle unter das Patronat des hl. Albert gestellt wurde.
Die Orgelbaufirma Alfred Schmeißer aus Rochlitz erhielt 1952 den Auftrag zum Bau der Orgel, die am 9. Mai 1954 eingeweiht wurde. Die Firma Schilling & Lattermann wurde beauftragt, drei neue Glocken zu gießen, die am 16. Januar 1955 durch P. Provinzial Wunibald Brachthäuser OP eingeweiht wurden.
Dieses Glockengeläut wurde im November 1997 durch die Magdalenenglocke im Turm des neuen Klostergebäudes ergänzt.
2014 wurden die Stahlglocken, die bisher im Kirchturm hingen, durch drei neue Bronzeglocken der Firma „Eifeler Glockengießerei“ aus Brockscheid/Vulkaneifel ersetzt. Bischof Dr. Heiner Koch von Dresden-Meißen weihte das neue Geläut am 3. Oktober 2014 ein).
1961/1962 wurde eine erste Neugestaltung des Altarraumes nach Entwürfen von Artur Becker vorgenommen. Georg Nawroth aus Görlitz erhielt den Auftrag, die Nordwand hinter dem Altar mit einem Wandgemälde zu versehen. Dargestellt ist der Gekreuzigte mit Maria und Johannes, umgeben von vier dominikanischen Heiligen. Das Gemälde trat an die Stelle des Flügelaltars, der 1952 ebenfalls von Georg Nawroth gemalt worden war. Dieser befindet sich heute am Treppenaufgang im Foyer des Klosters.
Die zweite Umgestaltung des Altarraumes erfolgte 1973-1975. Bischof Gerhard Schaffran nahm am 7. September die Altarweihe vor. Der berühmte Prediger Pater Gordian Landwehr, der am 11. Juni 1998 starb, liegt in der westlichen Seitenkapelle der Kirche begraben.
Im Jahr 2016 erfolgt eine Sanierung der Orgel und ein neuer Innenanstrich des Kirchenraumes.
Nach dem Wendejahr 1989 begannen die Überlegungen und Planungen für einen Klosterneubau. Das Pfarrhaus sollte in seiner Form erhalten bleiben, aber durch einen Klosterneubau ergänzt werden. Es sollte ein offenes und gastfreundliches Kloster entstehen. Die Grundsteinlegung erfolgte am 20. September 1996 durch Bischof Joachim Reinelt.
Am 18. April 1998 kam nach vier Jahren Planung und Ausführung das gemeinsame Vorhaben ans Ziel: Der Neubau, die Kirche, das Pfarrhaus und der offene Vorplatz bilden eine Einheit und von ihrer Konzeption her einen einladenden Ort, an dem Menschen willkommen sind.
Von 1998 bis 2008 bestand hier das geschwisterliche Projekt von Dominikanerinnen und Dominikaner: Eine Gemeinschaft von Brüdern lebte in dem Klostergebäude gemeinsam mit einer Gemeinschaft von Schwestern. Dieses Experiment bestand über elf Jahre lang.